Atouts majeurs
Les collections proviennent des fouilles archéologiques effectuées sur le site et s'échelonnent du IIIe siècle après J.-C. à nos jours. Il s'agit d'un site complexe caractérisé par quatre phases distinctes.
L'Antiquité et le haut moyen âge forment la première, où les phénomènes majeurs sont sans conteste les traditions funéraires et la christianisation du lieu. Huit mausolées des IVe et Ve siècles ont été mis au jour. Ce sont de petits édifices destinés à recevoir la tombe d'une personne riche ou vénérée par ses contemporains. Un des mausolée, conservé jusqu'à la naissance de la voûte, est entièrement décoré de peintures murales représentant des faux marbres. À la base de la voûte, on reconnaît des corniches de couleur noire peintes en trompe l’œil et la voûte elle-même présente un décor de caissons hexagonaux bleu turquoise. Le négatif de la tombe primitive est bien visible le long du mur ouest, face à l'entrée. Il s'agit du seul exemplaire français de mausolée du IVe siècle décoré de peintures murales, aussi bien conservées.
Une grande église carolingienne (XIe siècle) unifie les dispositifs morcelés antérieurs, témoignant sans doute du déclin des cultes funéraires au profit des offices eucharistiques (IXe siècle).
La période monastique, à partir XIe siècle, puis de l'essaimage des bénédictins de Saint-Chaffre à la disparition du prieuré en 1790.
Du fait de la précocité de la prise de conscience de l'intérêt du lieu (Champollion-Figeac, Prosper Mérimée) et des restaurations de la crypte au XIXe siècle, la période contemporaine, caractérisée par l'amenuisement progressif du culte paroissial au profit d'un usage culturel, est une phase architecturale en soi, avec des modifications profondes des structures bâties pour répondre aux nouveaux besoins exprimés.
Plus de 1.500 sépultures ont été mises au jour. Les plus anciennes remontent au IVe siècle, les plus récentes au XVIIIe siècle. Cette diachronie (16 siècles) a permis d'étudier l'évolution de la typologie des sépultures, les modes d'inhumation, les pratiques funéraires, dépôt d'objets dans la tombe. Plus de 3.000 objets ont été retrouvés dans les couches archéologiques (sols, remblais) et dans les tombes, lesquelles ont été mises en relation avec les différentes phases architecturales. Ces objets replacés dans leur contexte sont des témoins précieux pour l'archéologue. Éléments de datation, ils renseignent également sur la mentalité des vivants : le type des objets déposés évolue considérablement durant ces quinze siècles d'histoire. Les monnaies prédominent du IVe au IXe siècle mais à partir du XVe siècle on dépose volontiers dans la tombe un objet religieux, crucifix, chapelet, médailles. Cette étude est très riche d'enseignement sur l'évolution des mentalités, des relations avec les défunts des croyances religieuses.
