Les curiosités rassemblées au XVIIe siècle par deux frères, Gaspard de Liergues et Balthasar de Monconys sont à l'origine du musée. Au XVIIIe siècle, Jérôme-Jean Pestalozzi, médecin à l'Hôtel-Dieu, acquiert la collection et l'enrichit avant de la transmettre à son fils, Antoine-Joseph qui la cèdera à la Ville de Lyon moyennant une rente viagère. Alors, confiée à la garde de l'Académie des Sciences, des Belles Lettres et des Arts de Lyon, elle rejoint la bibliothèque, le médailler et la collection d'histoire naturelle de Pierre Adamoli dans un pavillon de l'Hôtel de Ville. Ce musée ne sera ouvert au public qu'en 1777. Cependant, on peut admettre qu'il a été fondé le 1er janvier 1772, date à laquelle les collections Monconys-Pestalozzi ont été ajoutées aux collections et aux six milles livres d'Adamoli. C'est à partir de 1793 que les collections du musée quittent la mairie pour le couvent des Dames-de-Saint-Pierre où elles restent à l'abandon, soumises au pillage de la tourmente révolutionnaire. Pendant des décennies, elles seront ballottées entre les Terreaux (Saint-Pierre) et la Croix-Rousse (La Déserte), subissant plus de destructions que d'accroissements. De 1830 à 1909, le muséum connaît un développement considérable accumulant un patrimoine exceptionnel qui a fait son renom d'aujourd'hui. Le muséum et le musée des Beaux-Arts déploient leurs salles à l'intérieur du Palais Saint-Pierre qui rapidement ne suffit plus. La cohabitation devient difficile et un premier projet de transfert du muséum au parc de la Tête d'Or avortera. En 1876, Émile Guimet, industriel lyonnais et fils de Jean-Baptiste Guimet, inventeur du bleu outremer, se vit confier une mission en Orient pour l'étude des religions par le ministre de l'instruction publique. À son retour, en 1879 il fit don à la ville de Lyon d'un musée des religions construit autour de ses acquisitions. Le bâtiment situé 28, boulevard des Belges à Lyon fut dessiné par l'architecte Chatron, dans le style néoclassique du XIXe siècle. La faible fréquentation du musée, délaissé des institutions et des savants, décida Guimet à mettre en vente l'édifice. Il fit transférer ses collections à Paris dans un nouveau musée qui prit son nom. Le musée lyonnais subit d'importantes transformations architecturales et devint restaurant brasserie, salles de sport et de musique. On y adjoint un théâtre puis une grande patinoire, le Palais de Glace. C'est en 1913, qu'il retrouva sa fonction initiale en accueillant un musée des religions et le muséum d'Histoire Naturelle qui cohabitait - jusqu'à cette date avec celui des Beaux-Arts dans le palais Saint-Pierre, place des Terreaux à Lyon. L'établissement rassembla des collections d'objets de la préhistoire à nos jours, provenant du musée Guimet sous tutelle du musée d'Art et se rapportant à de nombreuses civilisations du monde, auxquelles s'ajouta l'univers des sciences naturelles autour des grands mammifères, des insectes, des minéraux et des animaux fossiles. En 1991, l'exploitation du musée Guimet fut confiée au Conseil général du Rhône et devint muséum d'Histoire Naturelle. L'état du bâtiment, les nécessités de conservation, l'évolution de la muséologie, exigeaient une transformation en profondeur. Un nouveau projet culturel et scientifique fut adopté en 2000 et fixa les orientations et les objectifs d'un futur établissement : le musée des Confluences. Celui-ci s'appuyait sur les collections existantes (plus de 2,2 millions d’objets peu à peu rassemblés en une histoire d’un demi-millénaire, du XVIIe au XXIe siècle) et sur tout le travail réalisé par les équipes précédentes, mais il ajoutait de nouvelles responsabilités et visait à développer une programmation culturelle intégrée.
Thèmes des collections
Antiquités étrangères : Egyptiennes ; Archéologie nationale : Préhistoire ; Ethnologie : Pratiques religieuses et collectives ; Sciences de la nature : Entomologie, Invertébrés, Minéralogie, Paléontologie ; Civilisations extra-européennes : Africaines, Américaines, Asiatique, Océaniennes
