Historique de la collection
L’inventaire du musée s’ouvre en 1811 avec la commande par la Ville du portrait du célèbre beaunois Gaspard Monge à l’artiste Jean Naigeon.
En 1850, « un musée et cabinet d’histoire naturelle » voit le jour grâce à un premier noyau d’objets d’art et archéologiques constitué par Jules Pautet, conservateur de la bibliothèque municipale et passionné par le patrimoine beaunois. En 1853, le musée, installé dans l’aile nord de l’hôtel de ville, ancien couvent des Ursulines, ouvre au public. Charles Aubertin, historien et président de la Société d’histoire et d’archéologie de Beaune en est le premier conservateur. Le musée déménage en 1871 dans l’ancienne chapelle du couvent, dans l’aile sud, où il demeure plus de 130 ans. La même année, le peintre Hippolyte Michaud est nommé conservateur. Antoine Changarnier lui succède en 1890. Une commission est mise en place pour gérer la vie du musée : achats, restaurations, questions liées à la sécurité des collections… Cette assemblée est constituée d’artistes et d’érudits, dont Paul Bouchard, maire de Beaune, Charles Cloutier, Antonin Bourgeois, Arthur Montoy, Félix Ziem, Alexandre Sandier et Emile Goussery, qui deviendra ensuite conservateur. De nombreux dons et dépôts d’objets archéologiques sont faits par la Société d’Histoire d’Archéologie de Beaune entre 1850 et 1944.
Dès 1939, les œuvres du musée sont expédiées à Châteauneuf-en-Auxois pour être mises à l’abri. A la fin de la guerre, le conservateur René André s’attache à reprendre l’inventaire des collections et l’inscription normalisée dans un registre, à réaménager les salles et à projeter des expositions. L’inauguration du nouvel aménagement a lieu en 1946 avec la création de trois sections : beaux-arts, archéologie, histoire de la ville. La présentation est complétée en 1955 avec l’installation du musée Étienne-Jules Marey. En 2002, la décision est prise de transférer l’institution dans le site appelé Porte Marie de Bourgogne où il se trouve toujours et offre des locaux - salles d’exposition et réserves - modernes, conformes aux normes de conservation et de présentation de collections muséales. En 2017, la création d’une nouvelle entrée, ouvrant sur l’atrium du bâtiment permet également une importante restructuration avec l’agrandissement des espaces d’exposition et de médiation.