Description historique
Du fait de la topographie du site, la traversée de Besançon pose des problèmes tout à fait particuliers aux ingénieurs des Ponts et Chaussées responsables de la construction du canal du Rhône au Rhin, Philippe Bertrand et Joseph Liard : enserré de collines, le Doubs y forme une boucle resserrée à sa base et son cours est interrompu par les barrages de 5 moulins contribuant, avec le pont Battant, à aggraver les inondations de la ville. La multitude d'intérêts divergents et les rivalités exacerbées entre les services des Ponts et Chaussées et du Génie militaire, responsable de la défense de la place, entraînent une multiplication des projets. Bertrand avait proposé en 1778 que la navigation s'effectue en lit de rivière puis, en 1782, prôné le creusement d'un tunnel sous la citadelle, à l'endroit le plus étroit de la " boucle ". Cette dernière proposition est reprise par Liard en 1804 mais se heurte à l'opposition des militaires, préférant le passage en lit de rivière où les ouvrages du canal contribueront à maintenir une certaine hauteur d'eau, constituant ainsi une défense naturelle. La décision finale, adoptée en 1826 seulement, voit triompher le projet du Génie militaire, dirigé par Picot de Moras : passage en lit de rivière, établissement du chemin de halage sur la rive gauche, destruction de 3 moulins et de leur barrage, construction du barrage éclusé n° 50 de Saint-Paul, construction de l'écluse n° 51 utilisant le barrage du moulin de Tarragnoz, contrôle du niveau du Doubs par la construction des barrages éclusés n° 49 de la Malate (en amont de Besançon) et n° 52 de Velotte (en aval) , creusement aux frais de la ville d'un port à Chamars. Les travaux dans la " boucle " sont confiés aux militaires, ceux en amont (la Malate) et en aval (Tarragnoz et Velotte) au service de la Navigation. Adjugés fin 1827 par ce dernier à l'entrepreneur Etienne Boussard, de Froidefontaine, ils sont achevés en 1832. La traversée de la ville est effective en 1833. Par la suite, l'amélioration de la navigation pour permettre le passage de péniches de 280 à 350 t passe par l'agrandissement des écluses, portées au gabarit Freycinet durant la décennie 1880, et l'augmentation du mouillage. Pour ce point, en 1872, l'ingénieur Rascol propose de nouveau le creusement d'un tunnel sous la citadelle, sans opposition du Génie militaire. Son projet consiste en un canal souterrain à voie unique, s'achevant par une écluse (n° 50 N) juste en amont de celle de Tarragnoz, avec aménagement d'une gare d'eau entre les deux. Adjugés en juillet 1878 à l'entrepreneur Jacques Troglia, les travaux sont achevés en mars 1882 et le tunnel est inauguré le 30 avril. Des aménagements sont apportés pour garantir la continuité du chemin de halage au niveau des portes Taillée, Notre-Dame et Malpas. Aux ports initiaux de Rivotte et Chamars se sont ajoutés au fil du temps ceux de Strasbourg (1864) et Canot (1883) , celui de la Cie PLM aux Près-de-Vaux (1884) et le Port fluvial de la Chambre de Commerce (1939) , sans compter les ports privés. A partir de la fin des années 1940, les investissements sont bloqués par le projet de canal à grand gabarit, visant la circulation de convois de 4400 t. Font exception les essais de vanne clapet au barrage de la Malate et la remise en état de l'écluse de Saint-Paul, pour le tourisme. L'abandon du projet en 1997 permet de lancer une campagne de restauration des ouvrages et de mécanisation et d'automatisation des écluses, destinée à favoriser la plaisance. Dans le même esprit, Voies navigables de France met en place des pontons permettant le stationnement temporaire des bateaux.
